Родился в Москве в 1934 году в семье музыканта. Потеряв веру в Бога в ранней юности, вернулся в Христианство под влиянием Александра Меня, с которым учился в Иркутском сельхоз-институте.
В 1958 году по окончании института поступил в Московскую духовную семинарию, но под давлением КГБ был исключён. Работал алтарником, певчим, псаломщиком в церквях г. Москвы.
10 августа 1962 года рукоположен в сан священника. Служил в храмах городов Зарайска и Дмитрова.
В 1965 году вместе со священником Николаем Эшлиманом выступил с открытым письмом протеста против коллабора-ционистской политики руководства Московской патриархии. В мае 1966 года отец Глеб был подвергнут запрещению в священнослужении с формулировкой: «Впредь до раскаяния».
В 60 - 70х годах отец Глеб — деятельный участник правозащитного движения. В 1976 году — соучредитель и председатель «Христианского комитета защиты прав верующих в СССР». До ареста (1 ноября 1979 года) опубликовал сотни материалов, свидетельствующих о массовом подавлении религиозной свободы в СССР. Эти материалы получили широкий международный резонанс.
28 августа 1980 года осуждён Мосгорсудом по статье 70, часть I, за «антисоветскую агитацию и пропаганду». Был узником Лефортовской тюрьмы и политического лагеря Пермь-37 до 1985 года, затем отбыл два с половиной года ссылки в Якутии в поселке Ыныкчанский.
В 1987 году вместе с другими узниками совести амнистирован, вернулся в Москву и после 21 года нахождения под запрещением восстановлен Патриархией в сане священника, назначен служить в Никольском храме в селе Жегалово Московской области.
В 1990 году избран депутатом Верховного Совета РСФСР, участвовал в работе над Законом о свободе вероисповеданий, способствовал открытию многих храмов и монастырей, опубликовал архивные материалы КГБ о сотрудничестве церковной номенклатуры с Госбезопасностью. Фактически за раскрытие этих архивов 1 ноября 1993 года Московской патриархией был противозаконно лишен сана священника. Это решение не признал и в феврале 1994 года был принят в «сущем сане» в юрисдикцию Украинской Православной Церкви и направлен служить священником Богоявленского Собора города Ногинска.
В 1993 - 1995 годах — депутат Первой Государственной Думы. В 1995 году организовал Общественный комитет защиты свободы совести.
8 сентября 2000 года принял участие в создании новой Религиозной организации — Церкви Православного Возрождения.
Константин Кедров
От агонии к космогонии
(«Новые Известия» 10 марта 1999 г.)
«Хвалебный примитив юродивый в честь Бога, мирозданья. Родины». Так называется религиозно-философская поэма — исповедь священника и правозащитника Глеба Якунина.
Правозащитником Глеб Якунин стал в те времена, когда еще и не знал этого слова. В те годы темные, глухие, конец 60-х, нынешний патриарх благополучно епископствовал и благодушно смотрел, как Хрущев, объявив атеистическую десятилетку, закрыл 10000 церквей. Никто, кроме Глеба Якунина и его друга священника Николая Эшлимана, не поднял голос в защиту церкви. Якунин и Эшлиман совершили неслыханное по смелости деяние - направили открытое письмо тогдашнему патриарху Алексию I (не путать с нынешним Алексием II).
Они прямо призывали святейшество отбросить страх и смело выступить против стукачества в храмах, когда на всякого венчающегося, отпевающего родственников или крестившего своих детей церковь срочно сообщала по месту работы.
Патриарх ответил, что своим посланием Якунин и Эшлиман нарушили «тихое течение нашей церковной жизни». Однако отдадим должное Алексию I,- под давлением КГБ он отстранил священников от служения, Но сохранил их сан. Дальше судьба мучеников была предопределена. Тюрьмы, лагеря, ссылки. Николай Эшлиман умер. Якунин продолжал подвиг.
28 августа 1980 года отец Глеб стал узником Лефортовской тюрьмы, а затем политического лагеря Пермь-37. После пятилетней отсидки - ссылка в Ыныкчанск (500 км от Якутска), где священник пробыл два с половиной года.
В 1987 году амнистирован и после 21 года запрещения восстановлен патриархией в сане священника. Но не надолго. В 1990 году Якунин стал депутатом
Верховного Совета РСФСР и участвовал в разработке нового закона о свободе совести, способствовавшего открытию многих монастырей и храмов. После августа 91-го отец Глеб совершил новое «преступление». Опубликовал архивные материалы КГБ о сотрудничестве церковной номенклатуры с госбезопасностью. Номенклатура не простила. Алексий II в условиях свободы сделал то, на что не решился Алексий I в условиях атеистической диктатуры. 1 ноября 1993 года Якунин решением патриархии лишен сана.
Дальше началась привычная кампания по дискредитации. Бывшие и нынешние агенты КГБ спровоцировали драку в Думе, когда с отца Глеба распоясавшиеся депутаты срывали крест. Страна не очень поняла, что происходит. Засело одно - священник в драке. Наши идеологические спецслужбы умеют работать.
Ныне отец Глеб служит в Богоявленском соборе города Ногинска под юрисдикцией Украинской православной церкви,- не признаваемой нашей патриархией.
Только что вышла его поэма, напечатанная на средства автора и написанная в ыныкчанской ссылке.